L'ISSR all'Apollinare è un centro accademico della Pontificia Università della Santa Croce ed è stato eretto il 17 settembre 1986 dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica.
Il 10 ottobre 2006 la stessa Congregazione ha approvato i nuovi Statuti, il 14 novembre 2007 ha emanato il relativo decreto della nuova erezione e il 22 gennaio 2010 ha approvato l’aggiornamento degli Statuti in conformità alla Nota di ricezione con cui la Conferenza Episcopale Italiana ha recepito l’Istruzione sugli Istituti Superiori di Scienze Religiose promulgata dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica il 28 giugno 2008.
L’Istituto è caratterizzato dalla metodologia del complex learning, che si distingue dalla cosiddetta didattica a distanza, perché propone le tradizionali forme dell’insegnamento di presenza (lezioni, elaborati scritti, esami orali) in una forma più flessibile, con appropriate guide didattiche ai testi di studio, l'assistenza personale dei “tutors” e il supporto delle nuove tecnologie informatiche. Con questa metodologia, l’Istituto impartisce un insegnamento di livello universitario, rendendo possibile l'accesso a una preparazione superiore nel campo teologico a coloro che per ragioni geografiche, professionali, famigliari, ecc. sono impossibilitati a frequentare un Istituto presenziale.
Le principali finalità dell'Istituto sono:
- la formazione teologica dei fedeli, laici e religiosi, con lo studio sistematico e l'approfondimento scientifico della dottrina cattolica;
- la preparazione ai ministeri e all'animazione cristiana delle comunità locali;
- la qualificazione all’insegnamento della religione;
- la preparazione ai diversi impegni di apostolato laicale.
L’Istituto promuove fondamentalmente il Corso Superiore di Scienze Religiose, di durata quinquennale, che dà accesso ai gradi accademici di Laurea (o Baccalaureato) in Scienze Religiose, al termine del triennio, e di Laurea magistrale (o Licenza) in Scienze Religiose, al termine del biennio specialistico.
L’Istituto promuove inoltre corsi di aggiornamento e continuità su argomenti specifici di interesse teologico, pastorale e didattico.
I corsi dell’Istituto vengono realizzati sotto la guida e la tutela accademica della Facoltà di Teologia della Pontificia Università della Santa Croce.
L’Istituto cura con la Casa Editrice EDUSC la pubblicazione della collana Biblioteca di Scienze Religiose.