L'ISSR all'Apollinare è un centro accademico della Pontificia Università della Santa Croce ed è stato eretto il 17 settembre 1986 dalla Congregazione per l'Educazione Cattolica. Il 10 ottobre 2006 la stessa Congregazione ha approvato i nuovi Statuti, il 14 novembre 2007 ha emanato il relativo decreto della nuova erezione e il 22 gennaio 2010 ha approvato l'aggiornamento degli Statuti in conformità  alla Nota di ricezione con cui la Conferenza Episcopale Italiana ha recepito l'Istruzione sugli Istituti Superiori di Scienze Religiose promulgata dalla Congregazione per l'Educazione Cattolica il 28 giugno 2008.
L’Istituto è caratterizzato dalla metodologia del complex learning, che si distingue dalla cosiddetta didattica a distanza, perché propone le tradizionali forme dell’insegnamento di presenza (lezioni, elaborati scritti, esami orali) in una forma più flessibile, adatta a coloro che per ragioni geografiche, professionali, famigliari, ecc. sono impossibilitati a frequentare un Istituto presenziale.
L’Istituto promuove il Corso Superiore di Scienze Religiose, articolato secondo la struttura del 3+2, al termine del quale si consegue il titolo accademico di Laurea magistrale in Scienze Religiose, e altri corsi di formazione e di aggiornamento, come ad esempio il Corso "Amore, Famiglia, Educazione".